Правомерно ли удерживают 50% с заработной платы в связи с долгом по исполнительному производству, при условии прекращения ИП

Нет не правомерно. Вы пожалуйста уточните то ли это исполнительное производство.

Федеральный закон от 02.10.2007 N 229-ФЗ (ред. от 31.12.2017) "Об исполнительном производстве"

Статья 47. Окончание исполнительного производства

...4. В постановлении об окончании исполнительного производства, за исключением окончания исполнительного производства по исполнительному документу об обеспечительных мерах, отменяются[/u] розыск должника, его имущества, розыск ребенка, а также установленные для должника ограничения, в том числе[u] ограничения на выезд из Российской Федерации, на пользование специальными правами, предоставленными должнику в соответствии с законодательством Российской Федерации, и ограничения прав должника на его имущество[u][/u]...

Либо может быть так:

7. Одновременно с вынесением постановления об окончании основного исполнительного производства, за исключением окончания исполнительного производства по основаниям, установленным пунктом 3 или 4 части 1 статьи 46 настоящего Федерального закона либо пунктом 4, 6 или 7 части 1 настоящей статьи, судебный пристав-исполнитель возбуждает исполнительное производство по не исполненным полностью или частично постановлениям о взыскании с должника расходов по совершению исполнительных действий и исполнительского сбора, наложенного судебным приставом-исполнителем в процессе исполнения исполнительного документа. Постановление о возбуждении такого исполнительного производства направляется вместе с постановлением об окончании основного исполнительного производства, за исключением окончания исполнительного производства по основаниям, установленным пунктом 3 или 4 части 1 статьи 46 настоящего Федерального закона либо пунктом 4, 6 или 7 части 1 настоящей статьи, должнику, а при необходимости и другим лицам.

Т.е. могут удерживать расходы, либо исполнительский сбор.

Незаконно. Смотрите по номеру исполнительного документа, возможно новое ИП возбудили уже.