Проблема зачета стажа для крымчан - почему некоторым гражданам не зачисляется стаж по Украине?

Нельзя корректно ответить. Выслуга лет - это часть оплаты труда, которой может вообще не быть - зависит от принятой у работодателя системы оплаты труда. Порядок и условия оплаты труда, в том числе ее частей, определяются не законодательством, а работодателем или собственником учреждения, если иного в условиях трудового договора не согласовали.

Федеральный закон от 01.12.2014 N 398-ФЗ

"Об особенностях пенсионного обеспечения отдельных категорий граждан Российской Федерации, проживающих на территориях Республики Крым и города федерального значения Севастополя"

Статья 4. Особенности исчисления выслуги лет для назначения пенсии

1. При назначении гражданам, указанным в статье 1 настоящего Федерального закона, пенсий, предусмотренных Законом Российской Федерации "О пенсионном обеспечении лиц, проходивших военную службу, службу в органах внутренних дел, Государственной противопожарной службе, органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы, и их семей", пересмотру не подлежат:

1) периоды военной службы или иной приравненной к ней по пенсионному обеспечению службы и другой деятельности, включая время учебы до определения на такую службу, учтенные при назначении пенсий (в том числе на льготных условиях) в связи с прохождением гражданином военной службы или иной приравненной к ней по пенсионному обеспечению службы в соответствии с законодательством, действовавшим на территориях Республики Крым и города федерального значения Севастополя до 1 января 2015 года, по состоянию на 31 декабря 2014 года;

2) выслуга лет, исчисленная (в том числе на льготных условиях) при расчете ежемесячной надбавки (процентной надбавки) за выслугу лет на день увольнения гражданина с военной службы или иной приравненной к ней по пенсионному обеспечению службы.

Приказ Министра обороны РФ от 23.04.2014 N 255

(ред. от 18.08.2016)

"О мерах по реализации в Вооруженных Силах Российской Федерации постановления Правительства Российской Федерации от 5 августа 2008 г. N 583"

(вместе с "Положением о системе оплаты труда гражданского персонала воинских частей и организаций вооруженных сил Российской Федерации", "Порядком формирования и использования фонда оплаты труда гражданского персонала воинских частей и организаций вооруженных сил Российской Федерации")

6. Руководителям воинских частей и организаций размеры компенсационных и стимулирующих выплат устанавливаются приказами должностных лиц, наделенными в отношении руководителей воинских частей и организаций полномочиями работодателя, в пределах доведенных лимитов бюджетных обязательств.

Б) выплаты стимулирующего характера:

надбавка за выслугу лет - до 40 процентов должностного оклада в порядке, установленном настоящим Положением;

Оплата труда гражданского персонала воинских

частей и организаций

Установление гражданскому персоналу воинских частей

и организаций должностных окладов (тарифных ставок)

8. Должностные оклады (тарифные ставки) заместителям руководителей воинских частей и организаций, главным бухгалтерам, руководителям структурных подразделений и их заместителям, специалистам и рабочим устанавливаются приказами руководителей воинских частей и организаций, наделенных полномочиями работодателя.

ДОКУМЕНТ СОДЕРЖИТ УКАЗАНИЕ - ДО 40%, а не 40%

Думаю, если вы не согласны с назначенными вам выплатами, проще обратиться сначала к вашему непосредственному руководителю с заявлением о назначении вам выплат, как указано в вашем вопросе.

И уже после получения письменного ответа обратиться к адвокатам за помощью.