При оформлении договора долевого участия в строительстве жилого дома в него была вписана супруга.

имущество будет хоть как общее совместное, и в свидетельстве о государственной регистрации права укажут вас двоих. можно сделать брачный контракт тогда право собственности будет только на вас, а к договору купли-продажи сделать доп.соглашение после заключения брачного контракта

В Свидетельстве о праве собственности всегда вписывается одно лицо - собственник. Согласно предъявленному в Росреестр правоустанавливающему документу (договор дол.участия + акт приема-передачи), т.е. супруга. Однако, квартира будет являться общим совместным имуществом супругов.

У Вас два варианта: либо сейчас супруга Вам уступает право требования по договору долевого участия на конкретную долю в праве (оформляется договор цессии) и при оформлении права собственности на квартиру в Росреестре каждый из Вас получит свое Свидетельство о праве собственности на свою долю, либо после получения супругой Свидетельства о праве собственности на квартиру Вы с супругой подписываете соглашение о разделе общего совместного имущества супругов, регистрируете его в Росреестре в результате чего каждый из Вас получает свое Свидетельство о праве собственности с указанием конкретной доли в праве собственности на квартиру. Доли супругов предполагаются равными, но супруги соглашением могут изменить их размер.

После получения Свидетельства о праве собственности Вы можете обращаться в налоговый орган за получением вычета по НДФЛ.