Может ли Федеральное собрание РФ самостоятельно изменить границы республики своими актами?

Конституция РФ не регулирует указанные в вопросе отношения поскольку у республик свои Конституции.

К примеру Конституция Республики Северная Осетия-Алания

(ред. от 13.01.2010) (принята Верховным Советом Республики Северная Осетия 12.11.1994)

Устанавливает Границы между Республикой Северная Осетия-Алания и иными субъектами Российской Федерации могут быть изменены лишь на основании решения, принятого на референдуме Республики Северная Осетия-Алания, в порядке, установленном федеральным законодательством и законодательством Республики Северная Осетия-Алания.

К ведению Парламента Республики Северная Осетия-Алания относятся:

-утверждение соглашения об изменении границ Республики Северная Осетия-Алания;

Конституция Республики Ингушетия

(ред. от 03.06.2010)

(принята Народным Собранием - Парламентом РИ 27.02.1994)

К ведению Народного Собрания Республики Ингушетия относится:

- утверждение заключения и расторжения договоров Республики Ингушетия, а также соглашения об изменении границы Республики Ингушетия;

Образование, упразднение административно-территориальных единиц и образований, установление и изменение границ между ними, их наименование и переименование, другие вопросы административно-территориального устройства Республики Ингушетия решаются в соответствии с федеральными законами и законами Республики Ингушетия с учетом мнения населения соответствующей территории.