Что делать, если после увольнения из торговли не отдают трудовую книжку до погашения недостачи и где обращаться?

Трудовую отдать - обязаны, учет не является основанием для неотдачи трудовой книжки. Обращаться - лучше сразу в суд, можно в прокуратуру или трудинспекцию.

Постановление Правительства РФ от 16.04.2003 N 225 (ред. от 25.03.2013) "О трудовых книжках" (вместе с "Правилами ведения и хранения трудовых книжек, изготовления бланков трудовой книжки и обеспечения ими работодателей")

Работодатель обязан выдать работнику в день увольнения (последний день работы) его трудовую книжку с внесенной в нее записью об увольнении.

При задержке выдачи работнику трудовой книжки по вине работодателя, внесении в трудовую книжку неправильной или не соответствующей федеральному закону формулировки причины увольнения работника работодатель обязан возместить работнику не полученный им за все время задержки заработок. Днем увольнения (прекращения трудового договора) в этом случае считается день выдачи трудовой книжки. О новом дне увольнения работника (прекращении трудового договора) издается приказ (распоряжение) работодателя, а также вносится запись в трудовую книжку. Ранее внесенная запись о дне увольнения признается недействительной в порядке, установленном настоящими Правилами.

36. В случае если в день увольнения работника (прекращения трудового договора) выдать трудовую книжку невозможно в связи с отсутствием работника либо его отказом от получения трудовой книжки на руки, работодатель направляет работнику уведомление о необходимости явиться за трудовой книжкой либо дать согласие на отправление ее по почте. Пересылка трудовой книжки почтой по указанному работником адресу допускается только с его согласия.

Со дня направления указанного уведомления работодатель освобождается от ответственности за задержку выдачи работнику трудовой книжки.