Отказ в выдаче ВПД на авиаперелет сыну, служащему на Северном флоте, вопреки рапорту - законные действия или существует приказ командующего флота?

Для начала, необходимо написать - в качестве кого служит ваш сын. к какой категории военнослужащих он относится? В зависимости от этого выписываются ВПД.

ФЗ "О статусе военнослужащих, ст. 20, п. 1_1. Военнослужащие, проходящие военную службу по контракту в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, других местностях с неблагоприятными климатическими и (или) экологическими условиями, в том числе отдаленных, а также на территории субъектов Российской Федерации, входящих в Уральский, Сибирский и Дальневосточный федеральные округа, курсанты военных профессиональных образовательных организаций или военных образовательных организаций высшего образования до заключения с ними контракта о прохождении военной службы имеют право на проезд на безвозмездной основе железнодорожным, воздушным, водным и автомобильным (за исключением такси) транспортом один раз в год по территории Российской Федерации к месту использования основного (летнего каникулярного) отпуска и обратно. Военнослужащие, проходящие военную службу по контракту за пределами территории Российской Федерации, имеют право на проезд на безвозмездной основе железнодорожным, воздушным, водным и автомобильным (за исключением такси) транспортом один раз в год к месту использования основного (летнего каникулярного) отпуска на территории Российской Федерации и обратно. Как видно, закон не содержит какие-либо ограничения и оговорки. Ваш сын вправе получить ВПД на пролет самолетом.

Служит мичманом по контракту на Военно-морском флоте.