Гражданин РК, желавший получить гражданство РФ, столкнулся с проблемами из-за пересечения границы и требованиями УФМС

Ситуация заключается в следующем:

Я являюсь гражданином Республики Казахстан, по национальности я - русский, имел большие планы на получение гражданства РФ.

24 декабря минувшего года обратился в УФМС г. Ульяновск, для получения РВП; там сотрудник посмотрев мои документы объяснила, что мне нужно одним днем пересечь границу и вернуться обратно, т.к. в миграционной карте была указана цель визита "личное", на мои вопросы не возникнут ли у меня какие-либо проблемы мне ответили "проблем никаких не будет", объяснили, что нужно будет заполнить опросный лист, принести копии необходимых документов и подавать заявление как носитель русского языка. После праздников я одним днем съездил на родину, вернулся обратно и вновь направился в УФМС (24.01.2019); сотрудник, который принимал у меня документы, посмотрев печати о пересечении сразу же сказал, что я нарушил несколько федеральных законов, а именно связанных с правилом "90/180" и теперь мне нужно покинуть РФ в ближайшие 3 дня.

Интересует законно ли это? Один сотрудник мне сообщает одно, а второй - депортирует.

Немаловажные факты:

1) Моя родная бабушка родилась на территории Ульяновской области, и в свое время была репрессирована;

2) В планах у меня была военная служба по контракту в рядах ВС РФ, и мое дело уже укомплектовано и находится в военкомате г. Ульяновск;

3) Имеется квартира в собственности.