Проблемы с получением протоколов о отказе от налоговой - влияние на возврат косвенного НДС и варианты решения ситуации

Я ИП и занимаюсь ввозом из Белоруссии товаров. В налоговую пришел новый специалист по вопросам косвенных налогов. И после проверки ею первого заявления, она позвонила и сказала, что будет отказ, но протокол в итоге прислала только спустя 3 месяца (сдавали на бумажном носителе), в отделение налоговой. Обычно дают две копии протокола об отказе, один с пометкой получения (моей росписью) уходит обратно в налоговую, а другой мне. Но в этот раз мне их просто отдали и я нигде не расписался в получении. В итоге, того что поздно пришли протоколы, мы поздно исправили заявления. Заводу в Белоруссии уже пришло время подтверждать экспорт и 0 ставку ндс, но заявления до сих пор не приняты (также в том числе, что в налоговой после НГ не работает программа и они не могут исправленные заявления увидеть и зарегистрировать в программе). Завод говорит о том, что будет удерживать с нас деньги и повторно платить НДС у себя в стране.

Вопрос:

1.Если завод заплатит сам налог, то после того, как у нас примут заявление и мы отправим подтверждение в РБ, мы как то сможем вернуть уплаченный здесь косвенный НДС обратно или нет?

2. Если вдруг придется доказывать, что задержка произошла по вине нашей налоговой (протоколы поздно пришли), сможем ли мы доказать когда пришли протоколы, если отметка не стоит о принятии вообще.

Налоговики соответсвенно уже говорят, что у них нарушения нет и они вынесли протокол в течении 10 дней. По сути так оно и есть, но этот протокол я получил спустя 3 мес, как писал выше.

3. И вообще какие возможны варианты выхода из данной ситуации, чтобы мы материально постадали по-минимому, а лучше вообще не пострадали?