Как правильно составить и зарегистрировать протокол о смене директора в обществе с ограниченным количеством участников?

В соответствии со ст. 40 ФЗ Об обществах с ограниченной ответственностью Единоличный исполнительный орган общества (генеральный директор, президент и другие) избирается общим собранием участников общества на срок, определенный уставом общества, если уставом общества решение этих вопросов не отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества.

Соответственно Вам нужно провести общее собрание участников и оформить его Протоколом. Решение принимается большинством голосов.

С 1 сентября 2014 г. действует правило, что в обязательном порядке нужно подтверждать у нотариуса принятие решения на общем собрании и состав присутствовавших при его принятии, если иной порядок подтверждения не предусмотрен Уставом или Решением Общего собрания принятым единогласно всеми участниками.

Так как один участник у Вас присутствовать на общем собрании не будет, то подтвердить принятие Решения и состав присутствующих при его принятии Вы можете только у нотариуса

В соответствии с пунктом 3 статьи 67.1 Гражданского кодекса Российской Федерации Принятие общим собранием участников хозяйственного общества решения и состав участников общества, присутствовавших при его принятии, подтверждаются в отношении общества с ограниченной ответственностью путем "нотариального удостоверения", если иной способ (подписание протокола всеми участниками или частью участников; с использованием технических средств, позволяющих достоверно установить факт принятия решения; иным способом, не противоречащим закону) не предусмотрен уставом такого общества либо решением общего собрания участников общества, принятым участниками общества единогласно.