Как получить ЕНВД по перевозке пассажиров легковым автотранспортом и избежать налоговых проблем в Москве и МО?

Здравствуйте, Владимир!

Вы опасаетесь зря.

Для вашего вида деятельности предусмотрена только постановка на учёт по месту нахождения организации (месту жительства индивидуального предпринимателя)

Основание - статья 346.28 НК РФ, пункт 2. Частично цитирую ниже.

Статья 346.28. Налогоплательщики

...

2. Организации и индивидуальные предприниматели, изъявившие желание перейти на уплату единого налога, обязаны встать на учет в качестве налогоплательщиков единого налога в налоговом органе:

по месту осуществления предпринимательской деятельности (за исключением видов предпринимательской деятельности, указанных в абзаце третьем настоящего пункта);

по месту нахождения организации (месту жительства индивидуального предпринимателя) - по видам предпринимательской деятельности, указанным в подпунктах 5, 7 (в части, касающейся развозной и разносной розничной торговли) и в подпункте 11 пункта 2 статьи 346.26 настоящего Кодекса.

...

Подпункт 5 пункта 2 статьи 346.26 - это и есть

5) оказания автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов, осуществляемых организациями и индивидуальными предпринимателями, имеющими на праве собственности или ином праве (пользования, владения и (или) распоряжения) не более 20 транспортных средств, предназначенных для оказания таких услуг;