Как в таком случае принять на работу другого уже третьего программиста?

На мой взгляд в договоре следует указать, что принимается на работу до дня наступления события, которое наступит раньше - выход на работу с больничного работника или выход на работу работника из отпуска...

Уважаемая Анна Алексеевна !

Статьей 59 Трудового кодекса РФ, далее ТК, установлено право для работника и работодателя заключение срочного трудового договора

Срочный трудовой договор заключается:

- на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, за которым в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, коллективным договором, соглашениями, локальными нормативными актами, трудовым договором сохраняется место работы.

Статья 79 ТК устанавливает порядок прекращения срочного трудового договора

Срочный трудовой договор прекращается с истечением срока его действия. О прекращении трудового договора в связи с истечением срока его действия работник должен быть предупрежден в письменной форме не менее чем за три календарных дня до увольнения, за исключением случаев, когда истекает срок действия срочного трудового договора, заключенного на время исполнения обязанностей отсутствующего работника.

Трудовой договор, заключенный на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, прекращается с выходом этого работника на работу.

Таким образом в данном случае работодатель вправе заключить с работником срочный трудовой договор на должность программиста на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, за которым в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, коллективным договором, соглашениями, локальными нормативными актами, трудовым договором сохраняется место работы.

В приказе (распоряжении) о приеме на работу не надо в этом случае указывать Ф.И.О. отсутствующего работника на этой должности. Если вылечится второй работник, то вновь принятого можно будет уволить на основании статьи 79 ТК, а если выйдет на работу женщина, которая находится в отпуске по уходу за ребенком до достижения трех лет, то можно будет увольнять вновь принятого работника и больного работника также на основании статьи 79 ТК.

Есть конечно более выгодный и также законный выход из этой ситуации для работодателя, но вышеизложенного достаточно, что бы решить эту проблему.

Удачи Вам.