После пожара в муниципальной квартире, зарегистрированной на обоих супругов, возможно ли получение двух отдельных квартир?

Нет не выделят вам, увы, две квартиры.

Маловероятно

"Жилищный кодекс Российской Федерации" от 29.12.2004 N 188-ФЗ (ред. от 22.01.2019)

ЖК РФ Статья 106. Предоставление жилых помещений маневренного фонда

1. Жилые помещения маневренного фонда предоставляются из расчета не менее чем шесть квадратных метров жилой площади на одного человека.

2. Договор найма жилого помещения маневренного фонда заключается на период:

1) до завершения капитального ремонта или реконструкции дома (при заключении такого договора с гражданами, указанными в пункте 1 статьи 95 настоящего Кодекса);

2) до завершения расчетов с гражданами, утратившими жилые помещения в результате обращения взыскания на них, после продажи жилых помещений, на которые было обращено взыскание (при заключении такого договора с гражданами, указанными в пункте 2 статьи 95 настоящего Кодекса);

3) до завершения расчетов с гражданами, единственное жилое помещение которых стало непригодным для проживания в результате чрезвычайных обстоятельств, в порядке, предусмотренном настоящим Кодексом, другими федеральными законами, либо до предоставления им жилых помещений государственного или муниципального жилищного фонда в случаях и в порядке, которые предусмотрены настоящим Кодексом (при заключении такого договора с гражданами, указанными в пункте 3 статьи 95 настоящего Кодекса);

4) установленный законодательством (при заключении такого договора с гражданами, указанными в пункте 4 статьи 95 настоящего Кодекса).

3. Истечение периода, на который заключен договор найма жилого помещения маневренного фонда, является основанием прекращения данного договора.