Выяснилось что на постройку дома было привлечено 50% материнского капитала.

Если недострой не упоминать в договоре, то судьба его повиснет в воздухе. И бывший собственник сможет разобрать его и вывезти, к примеру. Мало ли чего может придумать бывший собственник.

Во-первых, вы должны задуматься - почему продавец не хочет оформлять недострой. Скорее всего дело не во времени и средствах, а в отсутствии документации, проекта. несоблюдении строительных норм и правил, что может затруднить, затянуть оформление недостроя.

Во-вторых, При неуказании в договоре недостроя, вы будете вынуждены или не указывать полную цену, или указывать цену, не соответствующую реальной стоимости участка.

В-третьих, (следует из второго) Вы лишаетесь возможности использовать налоговый вычет в размере сумм, уплаченных за недострой (ведь по договору вы его не покупали)

В-четвертых, (следует из второго), есть риск обращения продавца в суд за взысканием неосновательного обогащения (Вы ведь бесплатно получили недострой)

В-пятых, при использовании материнского капитала обязательно должна быть выделена доля ребенку. В Вашем случае дом недостроен - ребенку ничего не выделялось. Следовтельно ущемляются прав ребенка и это риск для оспаривания данной сделки со стороны ПФ РФ и других контролирующих организаций.

Достаточно?

При желании можно еще напридумывать.