Вольнонаемные сотрудники исправительной колонии переживают неопределенность в связи с гибким графиком работы во время пандемии

Нет, неправомерно, действия руководства Вы вправе обжаловать в порядке подчиненности, в инспекцию труда, в прокуратуру, а также в суд.

Указом Президента РФ N 206 дни с 30 марта по 3 апреля 2020 г. установлены как нерабочие с сохранением за работниками заработной платы. В дальнейшем указом Президента от 02.04.2020 N 239 режим нерабочих дней был распространен на период с 4 по 30 апреля, а указом от 28.04.2020 N 294 - на период с 6 по 8 мая. То есть в период с 30 марта по 8 мая 2020 года включительно работодатель обязан Вам выплатить зарплату в полном объеме, что и было сделано.

После 8 мая 2020 года Вы работали в соответствии с графиком, составленным работодателем, и работодатель оплатил Вам эту работу.

В соответствии со статьей 137 Трудового кодекса РФ:

заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права), не может быть с него взыскана, за исключением случаев: счетной ошибки; если органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров признана вина работника в невыполнении норм труда или простое; если заработная плата была излишне выплачена работнику в связи с его неправомерными действиями, установленными судом.