Владелица дома, купленного на маткапитал, столкнулась с проблемой оплаты воды - законно ли выставление счета на неоформленный договор?

Нет незаконно. Основанием для выставление платы по нормативам является только отсутствие (истечение срока поверки) прибора учета, во всех остальных случаях плата выставляется по показаниям приборов учета и поэтому не имеет принципиального значения есть договор или нет.

По закону водоканал прав.

Но не совсем статья 210 ГК РФ. Бремя содержания имущества Собственник несет бремя содержания принадлежащего ему имущества, если иное не предусмотрено законом или договором. Право нового собственника возникает после гос регистрации.

Право собственности подразумевает наличие у собственника не только прав, но и обязанностей, связанных с принадлежащим ему объектом. На собственника возлагается обязанность нести бремя содержания своей вещи, т.е. осуществлять расходы, необходимые для поддержания вещи в надлежащем состоянии и ее эксплуатации.

В частности, это расходы по ремонту вещи, уплате налогов и сборов, связанных с этой вещью, внесению иных платежей

Под домовладением в п. 2 Правил №354 понимается жилой дом (часть жилого дома) и примыкающие к нему и (или) отдельно стоящие на общем с жилым домом (частью жилого дома) земельном участке надворные постройки (гараж, баня (сауна, бассейн), теплица (зимний сад), помещения для содержания домашнего скота и птицы, иные объекты).

По мнению Департамента недвижимости, изложенному в Письме Минэкономразвития России от 09.03.2016 N ОГ-Д 23-3023,

домовладение следует рассматривать как комплекс, включающий в себя земельный участок, предоставленный для размещения и эксплуатации жилого дома, жилой дом и обслуживающие его вспомогательные строения.

Т.е. понятие домовладение является более широким, чем понятие жилой дом, и жилой дом входит в состав домовладения, наряду с иными объектами.

Закон устанавливает, что рассчитаться за потреблённую воду в том случае, когда приборов учёта нет либо когда они неисправны, можно, применяя расчётные способы определения водопотребления, установленные действующим законодательством Постановление под № 306, датированное 23.05.06 в редакции от 17.12.14).