Мы с мужем прожили 11 лет в браке, год назад мы развелись, но жили вместе в апреле я от него ушла.

Вы имеете такие же права на детей, как и ваш супруг.Забрать их можно, но чтобы условия проживания соответствовали. Квартира из которой вы ушли, это собственность мужа или совместная? Если совместная, то можете подать в суд на раздел. Что касается того, что он заберет из-за этого детей,это не так. Порядок общения с детьми и их проживания,это отдельные вопросы,не связанные с разделом.

Место жительства детей при раздельном проживании родителей устанавливается соглашением родителей. При отсутствии соглашения спор между родителями разрешается судом исходя из интересов детей и с учетом мнения детей. При этом суд принимает во внимание возраст ребенка, его привязанность к каждому из родителей, братьям, сестрам и другим членам семьи, нравственные и иные личные качества родителей, отношения, существующие между каждым из родителей и ребенком, возможность создания ребенку условий для воспитания и развития (с учетом рода деятельности и режима работы родителей, их материального и семейного положения, имея в виду, что само по себе преимущество в материально-бытовом положении одного из родителей не является безусловным основанием для удовлетворения требований этого родителя), а также другие обстоятельства, характеризующие обстановку, которая сложилась в месте проживания каждого из родителей. (ст. 65 СК РФ)

Поскольку вопрос решается в судебном порядке - необходимо составить исковое заявление, подать его в суд в соответствии с правилами подсудности, приложить все подтверждающие документы, возможно, определиться с доказательствами, в дальнейшем ходить на судебные заседания, отстаивать свою позицию.