Риск неучтенных расходов - что делать, если работник ИП не заключал договор материальной ответственности?

Согласно статьи 160 УК РФ необходимым условием присвоения или растраты должна быть передача имущества виновному.

Если нет документов о передаче имущества этому работнику, то присвоения или растраты не может быть

"Уголовный кодекс Российской Федерации" от 13.06.1996 N 63-ФЗ (ред. от 27.10.2020)

УК РФ Статья 160. Присвоение или растрата

(в ред. Федерального закона от 08.12.2003 N 162-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

1. Присвоение или растрата, то есть хищение чужого имущества, вверенного виновному, -

наказываются штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо обязательными работами на срок до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок до шести месяцев, либо ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо лишением свободы на тот же срок.

(в ред. Федерального закона от 07.12.2011 N 420-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Нет доказательств - не наказания. Исходите из тех документов, что Вы подписывали. Слов предпринимателя для обвинения - мало.

В отсутствие акта передачи (вверения) материальных ценностей, договорных отношений, закрепленных любым видом договора, и принятия на себя каких либо обязательств, беспокоиться вам не о чем.