Вопрос оформления протокола - может ли это повлиять на решение по административному иску ИФНС по налогам и пени?

По данным основаниям не отмените. Лучше по срокам давности, ФНС их в 90% случаев нарушает.

В соответствии с ч. 4 ст. 228 НК РФ общая сумма налога, подлежащая уплате в соответствующий бюджет, исчисленная исходя из налоговой декларации с учетом положений настоящей статьи, уплачивается по месту жительства (месту учета по иному основанию, установленному настоящим Кодексом, - при отсутствии места жительства) налогоплательщика в срок не позднее 15 июля года, следующего за истекшим налоговым периодом.

На основании ч. 1 ст. 70 НК РФ требование об уплате налога должно быть направлено налогоплательщику (ответственному участнику консолидированной группы налогоплательщиков) не позднее трех месяцев со дня выявления недоимки, если иное не предусмотрено в соответствии с настоящим Кодексом.

Административный истец должен был узнать о возникновении недоимки по налогам и сборам на следующий день после истечения срока оплаты налога, то есть 16 июля 2019 года.

В соответствии с ч. 2 ст. 48 НК РФ заявление о взыскании подается в суд общей юрисдикции налоговым органом (таможенным органом) в течение шести месяцев со дня истечения срока исполнения требования об уплате налога, сбора, страховых взносов, пеней, штрафов, если иное не предусмотрено настоящим пунктом.

Как правильно определить что сроки подачи иска пропущены?