Работающий более 40 часов в неделю и имеющий несколько ставок - что грозит нарушителю ТК РФ в бюджетных учреждениях?

Если вы действительно выполняете всю указанную работу, то ни вас ни работодателя к уголовной ответственности привлечь нет оснований. Будут основания если вы только числитесь и получаете деньги без фактического выполнения работы.

Признаки составов преступлений, предусмотренных ст.ст. 159 и 160 УК РФ, в ваших действиях отсутствуют, так как вы получаете денежные средства на возмездной основе, то есть за выполнение трудовых обязанностей. По ст. 285.1 УК РФ вы вообще не можете быть субъектом преступления.

У Вас не правильное направление трактовки норм права, Вы работаете на трёх, 0,25 ставки, т.е. у Вас 0,75 одной ставки. Поэтому нарушений нет и сверхурочной работы у Вас нет.

Продолжительность сверхурочной работы не должна превышать для каждого работника 4 часов в течение двух дней подряд и 120 часов в год.

Также регламент ТК РФ не ограничивает свободу выбора и труда, статья 282 ТК РФ гласит, что работник, может работать в свободное от основной работы время у неограниченного числа работодателей, заключив трудовой договоров о работе по совместительству. Работа по совместительству может выполняться работником как по месту его основной работы, так и у других работодателей не более 4 часов в день.

Да, я не правильно выразился, у меня не 0,75 ставки всего, а именно 3, ибо рабочих мест у меня 12 (0.25*12)