Как выписать ребенка из квартиры бабушки, находясь в другом городе?

Только при личнлм присутствии.

Добрый вечер, Юлия. Обратитесь в миграционную службу по месту Вашего жительства, там где делали новую регистрацию. Возможно по старому месту регистрации миграционная служба уже направила документы на снятие, если это не сделано, то напишете заявление на снятие сына с регистрации. Но это в случае, если он несовершеннолетний. А если он взрослый, то ему нужно будет обращаться в миграционную службу самому.

Постановление Правительства РФ от 17.07.1995 N 713.

31. Снятие гражданина с регистрационного учета по месту жительства производится органами регистрационного учета в случае:

а) изменения места жительства - на основании заявления гражданина о регистрации по новому месту жительства или заявления о снятии его с регистрационного учета по месту жительства (в письменной форме или в форме электронного документа). При регистрации по новому месту жительства, если гражданин не снялся с регистрационного учета по прежнему месту жительства, орган регистрационного учета в 3-дневный срок обязан направить соответствующее уведомление в орган регистрационного учета по прежнему месту жительства гражданина для снятия его с регистрационного учета;

Непонятно, почему не сняли с регистрационного учета по прежнему адресу. Возможно просто человеческий фактор. Напомните о себе официальным запросом, если не снимут в ближайшее время.