Как подписать акт приема-передачи квартиры, если возникает спор с застройщиком по фактической площади?

Без указания разногласий не нужно подписывать акт. Только с протоколом разногласий, где озвучите свои претензии. А если претензия направлена, то даже если нет ответа, то в случае если претензия получена, то можно отсчитывать срок ответа на нее, а если нет, то применить в суде ст.165.1 ГК РФ:

Статья 165.1. Юридически значимые сообщения

1. Заявления, уведомления, извещения, требования или иные юридически значимые сообщения, с которыми закон или сделка связывает гражданско-правовые последствия для другого лица, влекут для этого лица такие последствия с момента доставки соответствующего сообщения ему или его представителю.

Сообщение считается доставленным и в тех случаях, если оно поступило лицу, которому оно направлено (адресату), но по обстоятельствам, зависящим от него, не было ему вручено или адресат не ознакомился с ним.

2. Правила пункта 1 настоящей статьи применяются, если иное не предусмотрено законом или условиями сделки либо не следует из обычая или из практики, установившейся во взаимоотношениях сторон.

Можно передать квартиру и при наличии разногласий по оплате.

В Вашей ситуации можно обратиться в суд с иском об обязании передать квартиру, взыскании неустойки по ДДУ за каждый день просрочки, взыскании разницы в цене ввиду уменьшения площади.

Также можете просить взыскания компенсации морального вреда и штрафа в размере 50% взысканных сумм по ЗоЗПП.