Можно ли получить лицензию на алкоголь для ресторана, если над рестораном есть стоматология?

Нет у вас никаких шансов на получение алкогольной лицензии.

Согласно п. 10 ч. 2 ст. 16 Федерального закона от 22.11.1995 N 171-ФЗ (ред. от 26.03.2022) "О государственном регулировании производства и оборота этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции и об ограничении потребления (распития) алкогольной продукции" розничная продажа алкогольной продукции и розничная продажа алкогольной продукции при оказании услуг общественного питания не допускается на территориях, прилегающих к зданиям, строениям, сооружениям, помещениям, находящимся во владении и (или) пользовании юридических лиц независимо от организационно-правовой формы и индивидуальных предпринимателей, осуществляющих в качестве основного (уставного) вида деятельности медицинскую деятельность или осуществляющих медицинскую деятельность наряду с основной (уставной) деятельностью на основании лицензии, выданной в порядке, установленном законодательством Российской Федерации, за исключением видов медицинской деятельности по перечню, утвержденному Правительством Российской Федерации.

Таким образом, в выдаче лицензии Вам, скорее всего, будет отказано.

При этом, теоретически, по усмотрению лицензирующего органа и в зависимости от утвержденных органами местного самоуправления границ прилегающих территорий, Вам могут выдать лицензию, при условии, что вход в стоматологию и вход в ресторан расположены на значительном удалении друг от друга.