Почему организация предупреждает об административной и уголовной ответственности при оплате НДФЛ как налогового агента

Потому что хотят снять с себя ответственность за Вашу возможную незаконную предпринимательскую деятельность.

Простая перестраховка. Если это подряд - то это действительно Ваш заработок с принесением Вам добавленной стоимости продукции и (или) услут. То есть, предпринимательство.

Если было бы трудовое соглашение (договор ГПХ) то это уже не подряд, и кроме НДФЛ, вычитаемого из заработка, организация платила бы ещё и страховые (пенсионные) взносы на это физ. лицо.

ГК РФ Статья 23. Предпринимательская деятельность гражданина

1. Гражданин вправе заниматься предпринимательской деятельностью без образования юридического лица с момента государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя, за исключением случаев, предусмотренных абзацем вторым настоящего пункта.

В отношении отдельных видов предпринимательской деятельности законом могут быть предусмотрены условия осуществления гражданами такой деятельности без государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя.

3. К предпринимательской деятельности граждан, осуществляемой без образования юридического лица, соответственно применяются правила настоящего Кодекса, которые регулируют деятельность юридических лиц, являющихся коммерческими организациями, если иное не вытекает из закона, иных правовых актов или существа правоотношения.

4. Гражданин, осуществляющий предпринимательскую деятельность без образования юридического лица с нарушением требований пункта 1 настоящей статьи, не вправе ссылаться в отношении заключенных им при этом сделок на то, что он не является предпринимателем. Суд может применить к таким сделкам правила настоящего Кодекса об обязательствах, связанных с осуществлением предпринимательской деятельности.

5. Граждане вправе заниматься производственной или иной хозяйственной деятельностью в области сельского хозяйства без образования юридического лица на основе соглашения о создании крестьянского (фермерского) хозяйства, заключенного в соответствии с законом о крестьянском (фермерском) хозяйстве.

Главой крестьянского (фермерского) хозяйства может быть гражданин, зарегистрированный в качестве индивидуального предпринимателя.