Администратор магазина Магнит обвинен в недостаче на 20 тысяч рублей - стоит ли ему бояться уголовного преследования?

Вы вправе отказаться возмещать ущерб и не давать согласия на удержание. В соответствии со статьей 233 ТК РФ, материальная ответственность стороны трудового договора наступает за ущерб, причиненный ею другой стороне этого договора в результате ее виновного противоправного поведения (действий или бездействия), если иное не предусмотрено настоящим Кодексом или иными федеральными законами. Каждая из сторон трудового договора обязана доказать размер причиненного ей ущерба. Соответственно, в случае судебного разбирательства работодателю придётся доказывать как Вашу вину в недостаче (доказывать документально), так и размер подлежащего взысканию с Вас ущерба. Кроме того, в силу статьи 239 ТК РФ, материальная ответственность работника исключается в случае неисполнения работодателем обязанности по обеспечению надлежащих условий для хранения имущества, вверенного работнику (что также применимо и к Вашей ситуации). Если попытаются удержать без Вашего согласия - обращайтесь с жалобой в государственную инспекцию труда, при необходимости - с соответствующим иском в Ваш районный суд. Такие дела.

Могут подать заявление о присвоении либо растрате, однако нужно это доказать. Если есть видеокамеры и на них не видно, что Вы взяли деньги, то откажут в возбуждении.

Просто отказывайтесь от возмещения денежных средств, раз ничего не брали.

Теоретически - могут, если организация подаст заявление. Практически - вряд ли, чтобы подать, организация должна быть не просто уверена в Вашей вине, но и доказать документально размер и вину по недостаче, что, по Вашим словам, проблематично.