Как оплатить вывоз ТКО, если прописываешься и в городе, и в деревне?

Да, должны платить как собственник жилья.

См.

суд кассационной инстанции отметил, что неиспользование Сергеем Гусаровым жилого помещения не подпадает под понятие «временное отсутствие потребителя», применяемое в Правилах предоставления коммунальных услуг собственникам и пользователям помещений в многоквартирных домах и жилых домов (утверждены Постановлением Правительства РФ от 6 мая 2011 г. № 354) для целей перерасчета размера платы за коммунальную услугу по обращению с ТКО, и – притом что ни Правилами, ни иными нормативными правовыми актами не предусмотрен порядок перерасчета размера платы за коммунальную услугу, которую обязаны оплачивать собственники помещений, где не проживает ни один потребитель, – не является основанием для освобождения заявителя от оплаты коммунальной услуги.

По дому в деревне начисления в любом случае будут идти исходя из количества собственников, такое законодательство на данный момент в пользу "мусорщиков", хотя это конечно абсурд. Но Вы можете периодически обращаться к ним за перерасчётом, подтвердив своё отсутствие в этом доме.

В соответствии с Правилами предоставления коммунальных услуг (ПП РФ от 06.05. 2011 г. № 354) с 01.03.2023 г. в случае Вашего документально подтверждённого отсутствия более пяти дней, Вы вправе обратиться к Региональному оператору по обращению с ТКО за перерасчётом по тому адресу, где Вы отсутствовали и подтвердили своё отсутствие - документально.