Может ли налоговая зачисляет платежи в счёт ранее образовавшегося долга?

Действия налоговой незаконны, если истёк срок исковой давности.

Это незаконно. Вы можете обратиться с жалобой на действия налогового органа в порядке, предусмотренном ст. 137–139.2 НК РФ.

НК РФ Статья 45. Исполнение обязанности по уплате налога, сбора, страховых взносов

8. Принадлежность сумм денежных средств, перечисленных и (или) признаваемых в качестве единого налогового платежа, определяется налоговыми органами на основании учтенной на едином налоговом счете налогоплательщика суммы его совокупной обязанности с соблюдением следующей последовательности:

1) недоимка - начиная с наиболее раннего момента ее выявления;

2) налоги, авансовые платежи, сборы, страховые взносы - с момента возникновения обязанности по их уплате;

3) пени;

4) проценты;

5) штрафы.

10. В случае, если на момент определения налоговыми органами принадлежности в соответствии с пунктами 8 и 9 настоящей статьи сумм денежных средств, перечисленных и (или) признаваемых в качестве единого налогового платежа, недостаточно для исполнения обязанностей по уплате налогов, авансовых платежей по налогам, сборов, страховых взносов с совпадающими сроками их уплаты, принадлежность определяется в соответствии с последовательностью, установленной пунктом 8 настоящей статьи, пропорционально суммам таких обязанностей.