Как действует исковая давность на требование коммунальщиков о платеже пени за все периоды?

Если суд применит срок давности к основному долгу, то и пени не на что начислять

Пени - это требование, зависимости от основного долга. Пени должны расчитываться по долгу на каждый месяц. Проводите суду контрасчет и заявляйте о применении срока исковой давности.

В отношении пени ст 330 ГК РФ также применяется срок исковой давности ст 196 ГК РФ Если вы заявляли о применении СИД только в отношении основного долга то заявляйте и в отношении пени.

Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 29.09.2015 N 43 (ред. от 22.06.2021) "О некоторых вопросах, связанных с применением норм Гражданского кодекса Российской Федерации об исковой давности" Срок исковой давности по повременным платежам и процентам 24. По смыслу пункта 1 статьи 200 ГК РФ течение срока давности по иску, вытекающему из нарушения одной стороной договора условия об оплате товара (работ, услуг) по частям, начинается в отношении каждой отдельной части. Срок давности по искам о просроченных повременных платежах (проценты за пользование заемными средствами, арендная плата и т.п.) исчисляется отдельно по каждому просроченному платежу.

25. Срок исковой давности по требованию о взыскании неустойки (статья 330 ГК РФ) или процентов, подлежащих уплате по правилам статьи 395 ГК РФ, исчисляется отдельно по каждому просроченному платежу, определяемому применительно к каждому дню просрочки.

Пеня начинает течь со следующего дня просрочки Пеню начисленную за три года Вы можете отсечь заявив о применении СИД ст 199 ГК РФ

Требуйте у них расчет пени - вам станет понятно, за какой период они начислены, представляйте в суд свой контррасчет.