Арендует помещение у КУМИ целевым назначением «под аптечный пункт».

Гражданским Кодексом РФ предусмотрено преимущественное право арендатора на заключение договора аренды на новый срок, для реализации которого вам достаточно заявить об этом арендодателю.

Совершенно не требуется согласовывать заявление с другими лицами.

Достаточно подать заявление в срок, предусмотренный в договоре.

Статья 621. Преимущественное право арендатора на заключение договора аренды на новый срок

1. Если иное не предусмотрено законом или договором аренды, арендатор, надлежащим образом исполнявший свои обязанности, по истечении срока договора имеет при прочих равных условиях преимущественное перед другими лицами право на заключение договора аренды на новый срок. Арендатор обязан письменно уведомить арендодателя о желании заключить такой договор в срок, указанный в договоре аренды, а если в договоре такой срок не указан, в разумный срок до окончания действия договора.

При заключении договора аренды на новый срок условия договора могут быть изменены по соглашению сторон.

Если арендодатель отказал арендатору в заключении договора на новый срок, но в течение года со дня истечения срока договора с ним заключил договор аренды с другим лицом, арендатор вправе по своему выбору потребовать в суде перевода на себя прав и обязанностей по заключенному договору и возмещения убытков, причиненных отказом возобновить с ним договор аренды, либо только возмещения таких убытков.

2. Если арендатор продолжает пользоваться имуществом после истечения срока договора при отсутствии возражений со стороны арендодателя, договор считается возобновленным на тех же условиях на неопределенный срок (статья 610).

Однако, передача помещения не в аренду, а возврат его в хозяйственное ведение балансодержателю (если он обладает правом хозяйственного ведения) будет вполне законным и вы не можете потребовать передачи помещения себе.

Таким образом, законность решения КУМИ зависит от содержания прав Службы заказчика на спорное помещение.