Какие могут быть последствия за присвоение денег в 2006 году с использованием служебного положения, после обвинения в 2012 году?

Все зависит от Вашей позиции, доказательства на которых основывается обвинение, возможно и условку получить, а возможно и реальный срок, возмещение может быть взыскано с Вас гражданском порядке. Если хотите получить консультацию как вести себя на суде пишите лично, при этом изложите более подробно Ваш рассказ

Статья 160. Присвоение или растрата

(в ред. Федерального закона от 08.12.2003 N 162-ФЗ)

1. Присвоение или растрата, то есть хищение чужого имущества, вверенного виновному, совершенные лицом с использованием своего служебного положения, а равно в крупном размере, -

наказываются штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет, либо лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до пяти лет, либо принудительными работами на срок до пяти лет с ограничением свободы на срок до полутора лет или без такового, либо лишением свободы на срок до шести лет со штрафом в размере до десяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного месяца либо без такового и с ограничением свободы на срок до полутора лет либо без такового.

(в ред. Федеральных законов от 27.12.2009 N 377-ФЗ, от 07.03.2011 N 26-ФЗ, от 07.12.2011 N 420-ФЗ)

Из судебной практики следует, что при назначении наказания судами учитываются смягчающие обстоятельства, прямо предусмотренные законом. А также на меру и размер (срок) наказания влияет степень доказанности вины подсудимого, хотя это не предусмотрено законом.

Советую Вам взять адвоката и выработать стратегию защиты и придерживаться её до конца разбирательства. Если вышлете мне текст обвинения, может дам более подробную консультацию. Удачи.