Имеют ли право заставлять платить за товар?

Помогите пожалуйста в решении этой ситуации.С нашего магазина был отправлен товар в магазин другого города.Когда они его приняли,то недосчитались нескольких позиций.У нас существует регламент приемки и отправки товара,который мы соблюдали.Но доказать это я не могу,т.к. нет никаких фото упакованных на отправку коробов.Тот магазин уверяет,что сам короб не имел никаких повреждений,но на самом коробе не было ни пломб,ни описи вложенного товара,как должно быть по регламенту.Нам дали срок неделю, чтобы оплатить недостающий товар,чего делать мы не хотим,т.к.на самом деле мы все отправляли и платить за кем-то утерянный или украденный товар достаточно обидно.К тому же вышестоящее руководство заявило, что идут нам на уступки и разрешают сделать скидку 50% на оплату товара, если он нашей организации,а товар стороннего поставщика оплатить нужно по полной стоимости.Уверяют,что это лучший вариант,иначе могут снять в трехкратном размере.Причем все нужно выкупить через свой же магазин,а почему-то не через бухгалтерию головного офиса.Все сотрудники работают официально по трудовому договору и несут материальную ответственность.Можем ли мы отказываться от выплаты данной недостачи,на каком основании?или действительно нам предлагают лучший вариант? И в случае,если нет вариантов,можем ли мы хотя-бы как-то требовать выкупать товар по себестоимости?