От какой суммы должны возместить 13 процентов при покупке квартиры?

Добрый день! Заранее благодарю за помощь в сложившейся ситуации, а именно в 2009 г. между мной и ОАО К (застройщик) был заключен договор об участии в долевом строительстве согласно которому в дальнейшем застройщик передал мне в собственность квартиру. Цена договора составила 2 544 000 рублей. Обращаю внимание, всеми вопросами приобретения жилья занимался мой отец(является индивидуальным предпринимателем) который действовал от моего имени по доверенности как физическое лицо.

Порядок оплаты проходил следующим образом: согласно условиям договора наличными я оплатил 1 040 00 рублей в течении 3х раб. дней( платежное поручение имеется). Далее... на руках из бумаг имеется АКТ Сверки взаимных расчетов между подрядной организацией П и моим отцом как ИП. Как мне понимается между застройщиком ОАО К, подр.орг. П и моим отцом ИП был заключен договор о взаимном погашении долга.( по факту отец передал подр. орг. П стройматериалы а подр.орг П погасила долг перед ОАО К за квартиру в сумме 1 504 000 рублей.) Далее... из бумаг на руках: 1. АКТ приема-передачи квартиры от 01.02.2010 г., 2. ДОГОВОР о передачи прав кредитору другому лицу от 03.02.10( отец как ИП уступает право требования долга в сумме 1 504 000 себе как Гражданину), 3. СОГЛАШЕНИЕ о прекращении обязательств зачетом встречных требований от 03.02.2010 между ОАО К, подр.орг. П и моим отцом как гражданина, согласно которому всех переуступочных моментов мой отец осуществил окончательный расчет с ОАО К на сумму 1 504 000 рублей.

Мой же вклад в вышеизложенный пункт является таковым: отцу я передал денежные средства в сумме около 1 000 000 рублей на что он купил сырьё, переработав его как ИП получил строительные материалы на сумму 1 504 000 рублей которые и передал подр. орг. П.

17.03.2010 я получил свидетельство о регистрации собственности на свое имя. При заполнении декларации 3-НДФЛ за 2010, 2011 годы, сумма от которой осуществлялся вычет 13 проц. была указана в размере 2 000 000 рублей т от которой в дальнейшем и осуществили выплату за 2010 г.около 50 000 руб., за 2011 г. около 50 000 р. ( я расчитывал на выплату около 260 000 рублей за преиод времени около 5 лет ). ОДНАКО, когда я пришел подавать декларацию за 2012 год. мне сказали, что произошла ошибка и выплату мне будут производить от 1 040 000 рублей(которые оплачивались наличными) и общая остаточная сумма которую мне положено выплатить составит около 35 000 руб. И ВСЁ, объяснив что отец ИП , а ИП мол вычеты 13 проц не положены.

Пожалуйста помогите разобраться в сложившейся ситуации!