Клиент отправил через нас посылку ноутбук стоимостью 2 000 долларов.

На какую статью гражданского кодекса ссылается клиент в своей претензии?

Читаем ст. 796 ГК РФ:

"1. Перевозчик несет ответственность за несохранность груза или багажа, происшедшую после принятия его к перевозке и до выдачи грузополучателю, управомоченному им лицу или лицу, управомоченному на получение багажа, если не докажет, что утрата, недостача или повреждение (порча) груза или багажа произошли вследствие обстоятельств, которые перевозчик не мог предотвратить и устранение которых от него не зависело.

2. Ущерб, причиненный при перевозке груза или багажа, возмещается перевозчиком:

в случае утраты или недостачи груза или багажа - в размере стоимости утраченного или недостающего груза или багажа;

в случае повреждения (порчи) груза или багажа - в размере суммы, на которую понизилась его стоимость, а при невозможности восстановления поврежденного груза или багажа - в размере его стоимости;

в случае утраты груза или багажа, сданного к перевозке с объявлением его ценности, - в размере объявленной стоимости груза или багажа.

Стоимость груза или багажа определяется исходя из его цены, указанной в счете продавца или предусмотренной договором, а при отсутствии счета или указания цены в договоре исходя из цены, которая при сравнимых обстоятельствах обычно взимается за аналогичные товары.

3. Перевозчик наряду с возмещением установленного ущерба, вызванного утратой, недостачей или повреждением (порчей) груза или багажа, возвращает отправителю (получателю) провозную плату, взысканную за перевозку утраченного, недостающего, испорченного или поврежденного груза или багажа, если эта плата не входит в стоимость груза. "

Таким образом, ваши внутренние правила противоречат ГК РФ, на мой взгляд ваш клиент прав.