Как оформить отпуск, если часть отгулянного времени не учтена в трудовом договоре?

А почему вы отгуляли только часть отпуска? вас отозвали? Или вы изначалльно разделили свой отпуск на две части?

Иван, в соответствии со ст. 124 ТК РФ

Ежегодный оплачиваемый отпуск должен быть продлен или перенесен на другой срок, определяемый работодателем с учетом пожеланий работника, в случаях:

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

временной нетрудоспособности работника;

исполнения работником во время ежегодного оплачиваемого отпуска государственных обязанностей, если для этого трудовым законодательством предусмотрено освобождение от работы;

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

в других случаях, предусмотренных трудовым законодательством, локальными нормативными актами.

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

В исключительных случаях, когда предоставление отпуска работнику в текущем рабочем году может неблагоприятно отразиться на нормальном ходе работы организации, индивидуального предпринимателя, допускается с согласия работника перенесение отпуска на следующий рабочий год. При этом отпуск должен быть использован не позднее 12 месяцев после окончания того рабочего года, за который он предоставляется.

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

Запрещается непредоставление ежегодного оплачиваемого отпуска в течение двух лет подряд, а также непредоставление ежегодного оплачиваемого отпуска работникам в возрасте до восемнадцати лет и работникам, занятым на работах с вредными и (или) опасными условиями труда.