Дочь обвинила отца в изнасиловании трёх летней давности, когда ей было 14 лет.

А следствие-то прошло? Психолого-психиатрическая экспертиза была проведена? Мало деталей

Позицию защиты обговаривайте со своим адвокатом.

Серьезное обвинение. Если в эти дни отца вообще не было рядом с потерпевшей, ходатайствуйте о запросе "биллинга". Местоположение телефонов обвиняемого и потерпевшей должны отличаться в это время. Здесь, конечно, адвокату надо подойти к допросу законного представителя потерпевшей (т.е. бывшей Вашей жены). И еще вот что попробуйте: в дни, когда якобы было изнсилование, есть ли какие-либо доказательства того, что у девочки было подавленное состояние, что было подмечено одноклассниками, классным руководителем, или резко сказалось на ее успеваемости (табель оценок)?

Проводите следственную экспертизу, нанимаете хорошего адвоката, смотрите материалы следствия.

Доказывать невиновность не требуется. Вам достаточно возражать против доводов стороны обвинения.

по такому обвинению практически всегда СК избирает меру пресечения содержание под стражей. если вы в интернете значит у вас иная, то есть было мало доказательств. у вас есть шанс выиграть дело

Доказывать только фактами - например, тем же нахождением подсудимого в ином месте в те моменты, о которых указано в обвинительном заключении. Возможно, получится признать ряд доказательств недопустимыми ввиду нарушений требований УПК РФ при их получении. Тут вопросы к его защитнику - коль скоро уже идёт судебное разбирательство, адвокат у него обязан быть в любом случае.