Как выделить доли, в доме, если размер одной доли менее 6 (5.45) кв.м? У одного собственника 3/4 площади дома, у другого 1/4.

В связи с чем вы собрались доли выделять? Есть ряд оснований по которым ограничениеи 6 кв.м. не применяется.

Здравствуйте. Если другой сособственник "неизвестно где", можете воспользоваться ст. 252 ГК РФ. В частности, при недостижении участниками долевой собственности соглашения о способе и условиях раздела общего имущества или выдела доли одного из них участник долевой собственности вправе в судебном порядке требовать выдела в натуре своей доли из общего имущества. При этом, если выдел доли в натуре невозможен без несоразмерного ущерба имуществу, находящемуся в общей собственности, выделяющийся собственник имеет право на выплату ему стоимости его доли другими участниками долевой собственности (т.н. "принудительный" выкуп доли).

Не надо выделять- прежде чем реконструкцию производить- признайте долю малозначительной ,выкупите ее (принудительно- по решению суда ,внеся деньги на счет судебного департамента ) и уже после этого и занимайтесь реконструкцией

при недостижении участниками долевой собственности соглашения о способе и условиях раздела общего имущества или выдела доли одного из них участник долевой собственности вправе в судебном порядке требовать выдела в натуре своей доли из общего имущества

Что Вы имеете ввиду под словом выделить?

для какой цели, обстоятельства..