Отказ Минобороны выдать контракт о службе по призыву с измененными условиями оплаты

Отказ неправомерен.

По закону один экземпляр контракта выдается военнослужащему. Размер денежного довольствия в контракте не указывается

Второй экземпляр должен выдаваться, несмотря на то, что он в одностороннем порядке?

Если есть возможность, обратитесь в военную прокуратуру.

Если нет такой возможности, напишите командиру своей войсковой части заявление (желательно в 2-х экз.) и оставьте один с отметкой или подписью лица его принявшего (при возможности сфоткать).

В дальнейшем будет возможность защитить свои права в суде.

В соответствии с абз. 3 п. 2 ст. 1, ст. 10, Федерального закона «О прокуратуре Российской Федерации», "Инструкции о порядке рассмотрения и разрешения обращений и приема заявителей в органах прокуратуры" (утв. Приказом Генпрокуратуры России от 30.01.2013 N 45) Прокуратура осуществляет надзор за соблюдением прав и свобод человека и гражданина, а также рассматривает, проверяет, и разрешают поданные заявления, жалобы, обращения и иные сообщения о нарушении прав и свобод человека и гражданина.

А поэтому следует направить жалобу в Прокуратуру, для проведения проверки за незаконные действия, самоуправство и привлечение виновных лиц к ответственности (ст.10 Федерального Закона "О прокуратуре РФ" от 17.01.1992 N 2202-1).

Рад был помочь!