Если сын говорит, что не виноват, а свидетелей нет, как лучше действовать?

Отсутствие свидетелей важно - доказывание причинения вреда лежит на потерпевшей стороне (статья 1064 ГК РФ). За вред несовершеннолетних отвечают родители (статья 1073 ГК РФ). Рекомендую зафиксировать показания детей письменно, получить копию медицинской справки, при обращении в полицию давать объяснения с юристом.

Все равно будет выясняться,откуда у девочки сотрясение. Хотя отсутствие свидетелей в вашу пользу. Камеры видеонаблюдения есть?

а данный момент вам ничего делать не надо. Ждите иска от противной стороны. Будет иск - обращайтесь к юристу, вам разработают позицию защиты в зависимости от его содержания, представленных доказательств, подготовят мотивированные и юридически обоснованные возражения, разработают тактику поведения в суде. Шансы отстоять свои права и законные интересы у вас есть.

Свидетели всегда важны.

Все будет зависеть от пояснений самого потерпевшего.

Дать свои объяснения, указать на обстоятельства и свидетелей.

Удар в голову девочки был достаточно сильным, чтобы произошло сотрясение головного мозга. Тогда пенал, по всей вероятности, должен был упасть рядом с девочкой или же не далеко от нее, но не оказаться в руках мальчика, которому кинули этот пенал. В это время возле девочки явно были другие школьники, она могла упасть от удара, наклониться, закричать, а пенал могли поднять, или же пенал поднял мальчик, которому был кинут. Во всем этом нужно разбираться с учетом конкретных доказательств. Но, похоже, в любом случае доказательств умышленного причинения легкого вреда здоровью девочки не имеется, усматривается неосторожность. Статьи в уголовном кодексе РФ, предусматривающей наказание за причинение лёгкого вреда здоровью потерпевшей по неосторожности не имеется.