Подскажите сыну пришло на госуслуги сообщение что он не явился в военкомат по повестке, но он там был. Как это можно доказать?

Здравствуйте, доказать можно свидетелями, записями с видеокамер наблюдения если таковые есть на здание военкомата или ближлежащих зданий, в журнале регистрации посещений лиц в военкомате

Если он там был, то это зафиксировано на КПП, указывайте на это при обжаловании - надзорники сами поднимут информацию.

Видео, если там пишут входящих. Или свидетелями, если обращался к какому-либо специалисту.

Чтобы доказать факт явки, сыну нужно связаться с военкоматом и уточнить причину, по которой пришло уведомление об уклонении. Вероятно, произошла ошибка, или уведомление связано с переносом данных в электронный реестр, а не с неявкой. Доказательствами явки могут послужить: отметка в повестке или личном деле, свидетельства сотрудников военкомата, а также показания свидетелей.

Смотря кому нужны "доказательства" и в рамках какого процесса они представляются. Суд , в том числе, оказывает помощь в истребовании доказательств (ст. 57 ГПК РФ).

Необходимо письменно обратиться в военкомат с заявлением о снятии отметки о неявке, приложив доказательства посещения: записи камер видеонаблюдения, показания свидетелей, журнал регистрации посетителей. По статье 21.5 КоАП РФ неявка по повестке влечет административную ответственность, поэтому важно зафиксировать факт явки документально.