Налог на продажу нежилого имущества - нужно ли платить налог, если владеешь имуществом более 3 лет?

Будете платить налог со всей суммы.

Правило "трех лет" распространяется только на жилые помещения.

Да так если недвижимое имущество, подлежащее продаже находится в собственности больше трёх лет, то налог на доходы физических лиц, полученных в результате продажи такого имущества не уплачивается. (ст. 217 НК РФ).

17.1) доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.

При определении размера налоговой базы в соответствии с "пунктом 3 статьи 210" настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 250 000 рублей.

Положения настоящего подпункта не распространяются на доходы, получаемые индивидуальными предпринимателями от продажи имущества в связи с осуществлением ими предпринимательской деятельности.