Возможно ли выкупить 2 доли у отца и матери под материнский капитал при наличии другой собственной квартиры, где я также являюсь собственником?

Если в результате приобретения долей квартира полностью перейдет в вашу собственность то да, а если не полностью, то нет.

согласно части 1 статьи 10 указанного федерального закона средства (часть средств) материнского (семейного) капитала в соответствии с заявлением о распоряжении могут направляться:

- на приобретение (строительство) жилого помещения, осуществляемое гражданами посредством совершения любых не противоречащих закону сделок и участия в обязательствах (включая участие в жилищных, жилищно-строительных и жилищных накопительных кооперативах), путем безналичного перечисления указанных средств организации, осуществляющей отчуждение (строительство) приобретаемого (строящегося) жилого помещения, либо физическому лицу, осуществляющему отчуждение приобретаемого жилого помещения, либо организации, в том числе кредитной, предоставившей по кредитному договору (договору займа) денежные средства на указанные цели;

- на строительство, реконструкцию объекта индивидуального жилищного строительства, осуществляемые гражданами без привлечения организации, осуществляющей строительство (реконструкцию) объекта индивидуального жилищного строительства, в том числе по договору строительного подряда, путем перечисления указанных средств на банковский счет лица, получившего сертификат.

Закон в данном случае предусматривает возможность приобретения именно жилого помещения, а не долей в нем. Согласно статье 15 Жилищного кодекса РФ жилым помещением признается изолированное помещение, которое является недвижимым имуществом и пригодно для постоянного проживания граждан (отвечает установленным санитарным и техническим правилам и нормам, иным требованиям законодательства). Причем согласно статье 16 указанного кодекса к жилым помещениям относятся:

1) жилой дом, часть жилого дома;

2) квартира, часть квартиры;

3) комната.