Когда приехал, я с удивлением узнала, что он выписан из квартиры.

Согласно ч. 1 ст. 60 ЖК РСФСР, действовавшей на момент вынесения вашему сыну приговора, право пользования жилым помещением за временно отсутствующими гражданами (нанимателем жилого помещения или членами его семьи) сохранялось в течение 6 месяцев, а в случае осуждения к лишению свободы на срок свыше 6 месяцев, ссылке или высылке – до момента приведения приговора в исполнение (п. 8 ч. 2 ст. 60).

Эти положения утратили силу в связи с признанием их не соответствующими Конституции РФ (Постановление Конституционного Суда РФ от 23 июня 1995 г. № 8-П), и с 23 июня 1996 г. граждане, временно отсутствующие сверх сроков, установленных ст. 60 ЖК РСФСР, уже не могли быть признаны утратившими право пользования жилым помещением по причине длительного отсутствия.

Если Вы не обжаловали приговор, исполнение его не было отсрочено либо приостановлено и он был приведен в исполнение, то в соответствии с п. 8 ч. 2 ст. 60 ЖК РСФСР с этой даты Вы утратили право на жилое помещение, и Ваши родственники, обратившись на основании вступившего в законную силу приговора суда с заявлением о снятии Вас с регистрационного учета по месту жительства, действовали правомерно, равно как и органы регистрационного учета. Но из вашего рассказа видно, что квартира приватизирована, имеет значение дата приватизации. В настоящий момент вы можете прописать вашего сына вне всякого сомнения, поскольку являетесь полноправной хозяйкой квартиры.