Можно ли встать на учёт в военкомате одного города когда регистрация в другом?

Учет в военкомате должен стоять по месту жительства.

Статьей 3 Закона РФ "О праве граждан РФ на свободу передвижения,выбор места пребывания и жительства в пределах РФ", Постановлением Правительства РФ от 17.07.1995г. №713 утверждены Правила регистрации и снятия граждан РФ с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах РФ и перечень должностных лиц, ответственных за регистрацию, п.7 Положения о воинском учете.

В постановке на воинский учет Вам могут отказать на основании указанных выше актов в случае, если отсутствует регистрация по месту пребывания или жительства. Однако при регистрации по МЖ или МП сответствии с п.6 Приказа Министра обороны РФ, МВД РФ и ФМС

от 10 сентября 2007 г. N 366/789/197 территориальные органы ФМС России информируют граждан, не состоящих, но обязанных состоять на воинском учете, об их обязанности состоять на воинском учете по месту жительства (месту пребывания на срок более трех месяцев), а также вручают гражданину направление для постановки на воинский учет в военный комиссариат по месту его жительства (по месту пребывания на срок более трех месяцев).

При этом уйти от постановки на учет вряд ли сможете

Все организации и предприятия обязаны вести воинский учет (пп. 6 п. 1 ст. 8 Федерального закона от 31.05.1996 № 61-ФЗ «Об обороне»).