Как мне правильно обосновать ответ, что протокол разногласий придется все равно рассматривать?

Вас пытаются ввести в заблуждение. В указанных статьях ГК РФ ничего подобного не говорится. Наоборот, согласно статье 432 ГК РФ договор считается заключенным, если между сторонами, в требуемой в подлежащих случаях форме, достигнуто соглашение по всем существенным условиям договора. Договор заключается посредством направления оферты (предложения заключить договор) одной из сторон и ее акцепта (принятия предложения) другой стороной. Это означает, что без подписи договора обеими стонами он не считается заключённым.

Согласно статье 438 ГК РФ акцептом признается ответ лица, которому адресована оферта, о ее принятии. Акцепт должен быть полным и безоговорочным (оферта – предложение заключить договор, акцепт – согласие с офертой).

Отдел охраны, как я понял, считает Ваше молчание в течение 3 месяцев согласием заключить договор. Но молчание согласно статье 438 ГК РФ не является акцептом, если иное не вытекает из закона, обычая делового оборота или из прежних деловых отношений сторон.

Согласно статье 443 ГК РФ ответ о согласии заключить договор на иных условиях, чем предложено в оферте (что Вы и сделали), не является акцептом. Такой ответ признается отказом от акцепта и в то же время новой офертой.

Поэтому никакой договор Вами не заключён.

С уважением,