Имеет ли право и на каком основании (какой нормы) учреждение исключать из текстов договоров пункты, связанные с пенями.

Вопрос поставлен некорректно - чтобы исключить, надо сначала принять этот текст. Но сам договор - это соглашение сторон, и вы можете не принимать такие условия, то есть согласовать положения договора без этих неустоек.

Но на самом деле и в этом случае будет законная неустойка - проценты за пользование чужими денежными средствами (ст. 395 ГК РФ).

Возможно, Вы можете воспользоваться нормами нижеуказанного закона, если контракты государственные.

Федеральный закон от 21 июля 2005 г. N 94-ФЗ

"О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд"

(с изменениями от 31 декабря 2005 г.)

" Статья 9. Государственный или муниципальный контракт на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных или муниципальных нужд

1. Под государственным или муниципальным контрактом понимается договор, заключенный заказчиком от имени Российской Федерации, субъекта Российской Федерации или муниципального образования в целях обеспечения государственных или муниципальных нужд.

2. Государственный контракт и муниципальный контракт заключаются в порядке, предусмотренном Гражданским кодексом Российской Федерации и иными федеральными законами с учетом положений настоящего Федерального закона.

9. В случае просрочки исполнения заказчиком обязательства, предусмотренного государственным или муниципальным контрактом, другая сторона вправе потребовать уплату неустойки (штрафа, пеней). Неустойка (штраф, пени) начисляется за каждый день просрочки исполнения обязательства, предусмотренного государственным или муниципальным контрактом, начиная со дня, следующего после дня истечения установленного государственным или муниципальным контрактом срока исполнения обязательства. Размер такой неустойки (штрафа, пеней) устанавливается в размере одной трехсотой действующей на день уплаты неустойки (штрафа, пеней) ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации. Заказчик освобождается от уплаты неустойки (штрафа, пеней), если докажет, что просрочка исполнения указанного обязательства произошла вследствие непреодолимой силы или по вине другой стороны.

10. В государственный контракт и муниципальный контракт включается обязательное условие об ответственности поставщика (исполнителя, подрядчика) за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательства, предусмотренного государственным или муниципальным контрактом".