В этом договоре мы указали, что счета исполнитея (третьей организии) оплачиваются (заказчиком)т.

В договоре должна быть указана либо цена работы, либо способы ее определения, таким образом указанный Вами пункт правомерен.

Статьей 770 ГК РФ предусмотрено что исполнитель обязан провести научные исследования лично. Он вправе привлекать к исполнению договора на выполнение научно-исследовательских работ третьих лиц только с согласия заказчика.

При выполнении опытно-конструкторских или технологических работ исполнитель вправе, если иное не предусмотрено договором, привлекать к его исполнению третьих лиц. К отношениям исполнителя с третьими лицами(в Вашем случае с третьей организацией) применяются правила о генеральном подрядчике(Вы) и субподрядчике(третьей организации) (статья 706 ГК).

При этом генеральный подрядчик несет ответственность:- перед заказчиком за последствия неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательств субподрядчиком , - перед субподрядчиком - ответственность за неисполнение или ненадлежащее исполнение заказчиком обязательств по договору подряда.

Статья 707 ГК устанавливает, что если подрядчиками выступают одновременно два лица или более, при неделимости предмета обязательства они признаются по отношению к заказчику солидарными должниками и соответственно солидарными кредиторами.

При делимости предмета обязательства каждое из лиц привлеченных к исполнению договора подряда приобретает права и несет обязанности по отношению к заказчику в пределах своей доли.

При просрочке передачи или приемки результата работы риски, несет сторона, допустившая просрочку, т.е. заказчик.