Как быть в такой ситуации, работник уже отгулял ежегоднооплачиваемый отпуск

Принципиально - да. Просто надо знать основания увольнения, в некоторых случаях удержание не производится.

ТК РФ.

"Статья 137. Ограничение удержаний из заработной платы

Удержания из заработной платы работника производятся только в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами.

Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:

для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;

для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;

для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок, а также сумм, излишне выплаченных работнику, в случае признания органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров вины работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155) или простое (часть третья статьи 157);

при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска. Удержания за эти дни не производятся, если работник увольняется по основаниям, указанным в пунктах 1, 2, подпункте "а" пункта 3 и пункте 4 статьи 81, пунктах 1, 2, 5, 6 и 7 статьи 83 настоящего Кодекса.

Статья 81. Расторжение трудового договора по инициативе работодателя

Трудовой договор может быть расторгнут работодателем в случаях:

1) ликвидации организации либо прекращения деятельности работодателем - физическим лицом;

2) сокращения численности или штата работников организации;

3) несоответствия работника занимаемой должности или выполняемой работе вследствие:

а) состояния здоровья в соответствии с медицинским заключением;

б) недостаточной квалификации, подтвержденной результатами аттестации;

4) смены собственника имущества организации (в отношении руководителя организации, его заместителей и главного бухгалтера);

Статья 83. Прекращение трудового договора по обстоятельствам, не зависящим от воли сторон

Трудовой договор подлежит прекращению по следующим обстоятельствам, не зависящим от воли сторон:

1) призыв работника на военную службу или направление его на заменяющую ее альтернативную гражданскую службу;

2) восстановление на работе работника, ранее выполнявшего эту работу, по решению государственной инспекции труда или суда;

3) неизбрание на должность;

4) осуждение работника к наказанию, исключающему продолжение прежней работы, в соответствии с приговором суда, вступившим в законную силу;

5) признание работника полностью нетрудоспособным в соответствии с медицинским заключением;

6) смерть работника либо работодателя - физического лица, а также признание судом работника либо работодателя - физического лица умершим или безвестно отсутствующим;

7) наступление чрезвычайных обстоятельств, препятствующих продолжению трудовых отношений (военные действия, катастрофа, стихийное бедствие, крупная авария, эпидемия и другие чрезвычайные обстоятельства), если данное обстоятельство признано решением Правительства Российской Федерации или органа государственной власти соответствующего субъекта Российской Федерации".