Имеет ли право работодатель на этом основании меня уволить или не оплатить период за который небыло написано заявление?

Не имеет прав ни уволить, не отказать в оплате. Действующим положением предусмотрено, что оплата производится именно по больничному, подача заявления не предусмотрена.

По тексту положения, оплачивается вся сумма сразу.

Положение

о порядке назначения и выплаты государственных пособий гражданам, имеющим детей

(утв. постановлением Правительства РФ от 4 сентября 1995 г. N 883)

(с изменениями от 27 января, 9 сентября 1996 г., 14 февраля, 28 августа 1997 г., 12 ноября 1999 г., 5 мая, 21 декабря 2000 г., 14 февраля 2002 г., 8 августа 2003 г., 10 июня 2005 г.)

"II. Пособие по беременности и родам

45. Пособие по беременности и родам выплачивается за период отпуска по беременности и родам продолжительностью семьдесят (в случае многоплодной беременности - восемьдесят четыре) календарных дней до родов и семьдесят (в случае осложненных родов - восемьдесят шесть, при рождении двух или более детей - сто десять) календарных дней после родов.

Отпуск по беременности и родам исчисляется суммарно и предоставляется женщине полностью, независимо от числа дней, фактически использованных до родов.

9. Работающим (проходящим службу, обучающимся с отрывом от производства) женщинам пособие по беременности и родам назначается и выплачивается по месту работы (службы, учебы).

Пособие по беременности и родам назначается и выплачивается по последнему месту работы (службы) также в случаях, когда отпуск по беременности и родам наступил в течение месячного срока после увольнения с работы (службы) в случае:

перевода мужа на работу в другую местность, переезда к месту жительства мужа;

болезни, препятствующей продолжению работы или проживанию в данной местности (в соответствии с медицинским заключением, выданным в установленном порядке);

необходимости ухода за больными членами семьи (при наличии медицинского заключения) или инвалидами I группы.

Женщинам, уволенным в связи с ликвидацией предприятий, учреждений и других организаций в течение двенадцати месяцев, предшествовавших дню признания их в установленном порядке безработными, пособие назначается и выплачивается органами социальной защиты населения по месту жительства.

10. Для назначения и выплаты пособия по беременности и родам представляется:

женщинами, указанными в подпункте "а" пункта 4 настоящего Положения, - листок нетрудоспособности;

женщинами, указанными в подпункте "б" пункта 4 настоящего Положения, - заявление о назначении пособия по беременности и родам, листок нетрудоспособности, выписка из трудовой книжки о последнем месте работы, заверенная в установленном порядке, и справка из органов государственной службы занятости населения о признании их безработными;

женщинами, указанными в подпунктах "в", "г", "д" пункта 4 настоящего Положения, - медицинская справка установленной формы.

11. Пособие по беременности и родам выплачивается не позднее десяти дней со дня представления всех необходимых документов".