В договоре на кредит есть сноска, что согласно Налоговому кодексу экономия на процентах облагается налогом.

Договором вообще налоговые отношения не регулируются. Максимум, что может быть прописано в договоре - что организация может быть налоговым агентом.

А указанная экономия на процентах - это не те суммы начисленных процентов, указанные в вопросе. Это материальная выгода, которая возникает, если ставка за кредит меньше, чем 3/4 ставки ЦБ. Посмотрите, какова ставка по кредиту, и если меньше, то тогда возникает объект налогообложения (для налога на доходы). Но это совсем другиие параметры расчета, и досрочность погашения никак не влияет на размер налогооблагаемого объекта.

НК РФ.

"Статья 212. Особенности определения налоговой базы при получении доходов в виде материальной выгоды

1. Доходом налогоплательщика, полученным в виде материальной выгоды, являются:

1) материальная выгода, полученная от экономии на процентах за пользование налогоплательщиком заемными (кредитными) средствами, полученными от организаций или индивидуальных предпринимателей, за исключением материальной выгоды, полученной в связи с операциями с кредитными картами в течение беспроцентного периода, установленного в договоре о предоставлении кредитной карты;

2) материальная выгода, полученная от приобретения товаров (работ, услуг) в соответствии с гражданско-правовым договором у физических лиц, организаций и индивидуальных предпринимателей, являющихся взаимозависимыми по отношению к налогоплательщику;

3) материальная выгода, полученная от приобретения ценных бумаг.

2. При получении налогоплательщиком дохода в виде материальной выгоды, указанной в подпункте 1 пункта 1 настоящей статьи, налоговая база определяется как:

1) превышение суммы процентов за пользование заемными (кредитными) средствами, выраженными в рублях, исчисленной исходя из трех четвертых действующей ставки рефинансирования, установленной Центральным банком Российской Федерации на дату получения таких средств, над суммой процентов, исчисленной исходя из условий договора".