Аргументировали тем что ГОРОД просто не может зарегистрировать такого гражданина.

Если Вы не пернепутали форматы бумаги, то можно А3 разрезать на два А4, и делу конец. Разумеется, тербование незаконное, тем более что все листы и документы подшиваются(!) в папку при отправке в УФМС.

Загранпаспорт не обязателен, хотя и желателен. Обратитесь к нормативным актам - нигде нет слова "заграничный". К тому во многих странах паспорт вообще один.

Наличие собственников жилья не обязательно, законом установлено и другое возможное требование: согласие всез проживающих соверешеннолетних россиян, однако Жилищный Кодекс требует и согласия собственника всё равно, но им при этом является муниципалитет в лице уполномоченной им организации, с которой может быть заключен договор поднайма (при согласии этого органа, разумеется). ФМС РФ тут никаких дополнительных требований устанавливать не вправе.

Законное пребывание в РФ жены может быть продлено ФМС если будут предоставлены соответствующие документы с медицинского учреждения. Но если нет оснований для его продления - придется выехать. И если Вы не хотите подвергать её риску быть выдворенной после родов, позаботьтесь об этом - до.

Наличие загран.паспорта является ОБЯЗАТЕЛЬНЫМ условием. С внутренним украинским паспортом документы на получение РВП у Вашей жены не примут. Если жена выписана из Украины, сможет получить паспорт в консульстве и достаточно быстро. Если прописана на Украине, тогда проще съездить для получения паспорта. Хотя можно и через консульство, но с одновременной выпиской: лицам, имеющим регистрацию в Украине, консульство паспорта не оформляет.