Необходимо ли платить 13% при продаже недвижимости, если договор купли-продажи заключен в 2001 году, а свидетельство о собственности получено в 2012 году?

Свидетельство лишь подтверждает регистрацию права собственности, возникшего на основании договора от 2001 года. Следовательно, право собственности возникло в 2001 году, то есть более 3-х лет. Поэтому, сумма от продажи облагаться НДФЛ не будет

статья 2 ФЗ-122 Федеральный закон о государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним. 122-ФЗ. Государственная регистрация прав на недвижимое имущество и сделок с ним (далее также - государственная регистрация прав) - юридический акт признания и подтверждения государством возникновения, ограничения (обременения), перехода или прекращения прав на недвижимое имущество в соответствии с Гражданским кодексом Российской Федерации.

Государственная регистрация является единственным доказательством существования зарегистрированного права. Зарегистрированное право на недвижимое имущество может быть оспорено только в судебном порядке.

На 01.01.2000г. во всех субъектах РФ вступил в действие этот закон, следовательно Вы в 2001г. купили недвижимость и не зарегистрировали права в установленном порядке. В 2012г. Вы регистрируете право собственности и соответственно Ваше право признало государство, с этого момента и будет течь срок владения имуществом (менее 3-х лет). Вы попадаете на уплату НДФЛ.